Sí, cualquier achivo que hagas fuera de tu cgi-bin debe tener la extensión .cgi en vez de .pl. Si el archivo que usas tiene una extensión diferente a .cgi y te gustaría correrlo fuera de tu cgi-bin solamente renombra el archivo y este se ejecutará correctamente.
Ver también:
• Preguntas acerca de almacenamiento web (web hosting)
• Preguntas acerca de diseño y desarrollo de aplicaciones Internet